Los programas de formación establecidos por el CLEMI, se dividen en Cursos Básicos, Intermedios y Avanzados, empleando en el sistema de Aprendizaje Basado en Problemas (ABP) y complementados con prácticas quirúrgicas, fundamentadas en un modelo de formación piramidal en técnicas quirúrgicas de mínima invasión.

Los procesos de aprendizaje son impartidos por un grupo interdisciplinario de profesionales idóneo, con amplia experiencia y reconocimiento, no solo en el ámbito nacional sino también en el internacional, basado en la alianza estratégica entablecida con en el Centro de Cirugía de Mínima Invasión Jesús Usón (CCMIJU), implementando con gran éxito el modelo de formación y aprendizaje en Cirugía de Mínima Invasión, desarrollando en Cáceres, España, que se fundamenta en una curva de aprendizaje con una secuencia ascendente organizada en cuatro nivles: